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Structuration du projet

Ali Bellamine 3 years ago
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commit
cf37238947

+ 354 - 4
1_Prototype_MLP.ipynb → Project_Report.ipynb

@@ -1,5 +1,21 @@
 {
  "cells": [
+  {
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+    "![Urgences - Image CC0 - pexels.com](img/pexels-pixabay-263402.jpg \"Urgences\")"
+   ]
+  },
+  {
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+   "source": [
+    "# Biology Order Prescription\n",
+    "*Levi-Dan Azoulay*  \n",
+    "*Ali Bellamine*"
+   ]
+  },
   {
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    "execution_count": 1,
@@ -7,17 +23,257 @@
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     "import pandas as pd\n",
+    "import numpy as np"
+   ]
+  },
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+    "# Présentation du projet"
+   ]
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+   "source": [
+    "Chaque jour, environ 50 000 personnes se présentent dans un service d'accueil des urgences (SAU) en France. En moyenne, 75% des patients retournent à domicile, et 20% sont hospitalisés. La durée moyenne de présence au SAU est longue. On estime que seulement 20% attendront moins d'une heure, tandis que ~30% attendront entre 1h et 2H et ~30% attendront en 2 et 4H. Enfin, un peu plus de 10% resteront au SAU entre 4 et 6H. Dans un contexte de pénurie de soignants, le recours à la consultation au SAU est en constante augmentation depuis plusieurs années. L'optimisation du circuit des urgences est une problématique centrale. Le cout humain et financier des dysfonctionnements du circuit et de l'offre de soin est important. \n",
+    "\n",
+    "Le parcours classique du circuit des urgences est le suivant :  \n",
+    "1. **Premier contact d'ordre administratif**\n",
+    "2. **Premier contact soignant avec une infirmière d'accueil et d'orientation (IAO) (~M30) avec**  :\n",
+    "    - Recueil du motif de consultation\n",
+    "    - Prise des constantes\n",
+    "    - Recueil de quelques antécédents et de l'ordonnance du patient \n",
+    "    - Eventuellement ECG  \n",
+    "\n",
+    "\n",
+    "Le patient est classé selon un score de gravité (bleu, vert, jaune, orange, rouge, ou 1-2-3-4-5)\n",
+    "\n",
+    "3. **Premier contact médical avec un médecin (~H1)** :\n",
+    "    - Interrogatoire\n",
+    "    - Examen clinique\n",
+    "\n",
+    "    \n",
+    "A la suite de cette consultation, plusieurs cas de figures selon la situation.\n",
+    "Le patient peut sortir avec ou sans ordonnance si le diagnostic est posé par l'examen clinique et ne nécéssite ni examen, ni hospitalisation.\n",
+    "Le patient peut nécéssiter la réalisation d'examens (prise de sang, radiographie, scanner) ou motiver un avis d'un spécialiste. Auquel cas il doit attendre\n",
+    "\n",
+    "4. **Réalisation des examens complémentaire ou d'un avis (prescription, réalisation, récupération)**\n",
+    "5. **Décision finale : Conclusion une fois les examens récupérés. (~H3)**\n",
+    "\n",
+    "Entre chaque étape, le patient attend pendant une durée plus ou moins longue. Le médecin lui « jongle » avec plusieurs patients à la fois à des étapes différentes. \n",
+    "\n",
+    "Nous proposons d'aider à raccourcir le temps entre l'arrivée du patient et sa sortie, en ne subordonnant pas la décision de réaliser un examen biologique à l'examen clinique du médecin. Nous savons que le temps entre l'arrivée au SAU et la première visite avec le médecin est le temps le plus long et le plus mal vécu par les patients. \n",
+    "\n",
+    "Nous proposons à l'aide d'un algorithme d'apprentissage statistique de prédire, dès les données fournies par l'IAO, la nécéssité de réaliser un examen de biologie médicale, afin de permettre aux IDE de prélever cet examen juste après l'IAO, de sorte que le médecin dès sa première visite peut conclure avec les résultats de la biologie, qu'il aurait sans cela, demandé et attendu de récuperer avant de conclure et de prendre en charge le patient. "
+   ]
+  },
+  {
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+   "source": [
+    "# Méthode et Objectif"
+   ]
+  },
+  {
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+   "source": [
+    "<table markdown=\"1\">\n",
+    "     <TR>\n",
+    "       <TH>Données d'entrée</TH>\n",
+    "       <TH>Algorithme</TH>\n",
+    "       <TH>Données de sortie</TH>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "     <TR>\n",
+    "          <TD></TD>\n",
+    "          <TD></TD>\n",
+    "          <TD>Vecteur {0,1}^d d'examens de biologie associée à sa réalisation (1) ou non (0)</TD>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "     <TR>\n",
+    "          <TD>Age</TD>\n",
+    "          <TD ROWSPAN=\"6\">MLP<br \\>NLP (Embeddings, Word2Vec ...) <br \\>Autres</TD>\n",
+    "          <TD>Ionogramme Complet - {0,1}</TD>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "     <TR>\n",
+    "          <TD>Sexe</TD>\n",
+    "          <TD>Bilan hépato-cellulaire - {0,1}</TD>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "     <TR>\n",
+    "          <TD>Motif de consultation</TD>\n",
+    "          <TD>Numération sanguine (NFS) - {0,1}</TD>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "     <TR>\n",
+    "          <TD>Paramètres vitaux (FC, SpO2, PA, T°, FR, EVA)</TD>\n",
+    "          <TD>Glycémie - {0,1}</TD>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "     <TR>\n",
+    "          <TD>Ordonnance d'entrée du patient</TD>\n",
+    "          <TD>Hémostase - {0,1}</TD>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "     <TR>\n",
+    "          <TD></TD>\n",
+    "          <TD>...</TD>\n",
+    "     </TR>\n",
+    "</table>\n"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "# Plan du documents"
+   ]
+  },
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+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Les étapes clés de ce projet sont les suivantes :\n",
+    "\n",
+    "- I. Identifier une base de données exploitable – Verrouiller la base  \n",
+    "Base MIMIC-IV ED – Verrouillée et disponible via le présent dépôt\n",
+    "- II. Explorer et visualiser les données  \n",
+    "Recherche de corrélations, visualisation des données, description et analyse des inputs et output features\n",
+    "- III. Sélection des variables d'interêts\n",
+    "- IV. Définition et entrainement d'une solution d'apprentissage statistique"
+   ]
+  },
+  {
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+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "# I. Identifier une base de donnée exploitable - Vérouiller la base"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Les données sont issus du projet MIMIC-IV.  \n",
+    "Le projet MIMIC est un projet d'open-data médical initié par l'hopital _Beth Israel Deaconess_ à Boston.  \n",
+    "Initialement, seul des données de réanimation été accessible.\n",
+    "\n",
+    "Pour sa 4ème édition, a été mis à disposition un jeu de données couvrant un spectre bien plus large :\n",
+    "- Données relatives aux passages aux urgences\n",
+    "- Données relatives aux hospitalisations\n",
+    "- Données relatives aux séjour en réanimation\n",
+    "- Données de radiographie thoracique avec compte rendu associé"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "L'ensemble de ces données ont été mis à disposition dans le cadre de projets complémentaires :\n",
+    "- [MIMIC-IV](https://physionet.org/content/mimiciv/0.4/) : hospitalisation et réanimation\n",
+    "- [MIMIC-IV-ED](https://physionet.org/content/mimic-iv-ed/1.0/) : urgences\n",
+    "- [MIMIC-IV-CXR](https://physionet.org/content/mimic-cxr/2.0.0/) : radiographie thoracique\n",
+    "\n",
+    "Ces bases sont complémentaires dans le sens où chaque collecte a été faite durant une période temporelle spécifique, qui se recoupe plus où moins.  \n",
+    "Certains éléments nécessaires à l'exploitation de MIMIC-IV-ED sont présent dans MIMIC-IV.  \n",
+    "La lecture de la documentation de MIMIC-IV et de MIMIC-IV-ED est vivement recommandé (lien ci-dessus).\n",
+    "\n",
+    "En complément, un certains nombre de ressources est disponible sur le site du projet [MIMIC-IV](https://mimic.mit.edu/)."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Nous proposons de travailler autours de ce jeu de données avec pour objectif la tache suivante : **prédire les examens biologiques qui seront réalisés lors de l'arrivé d'un patient aux urgences**  \n",
+    "Les métriques d'évaluation des performances seront :\n",
+    "- L'**accuracy**\n",
+    "- La **precision**\n",
+    "- L'**aire sous la courbe (AUC)**\n",
+    "\n",
+    "Nous attachons une importance particulière à la précision. En effet, une sur-prescription d'examen biologique non indiqué pourrait entrainer un effet contraire à l'effet escompté, en prolongant le temps de prise en charge des personnes concernées."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
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+   "source": [
+    "## I.1 Téléchargement des données"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "La base de données de biologie étant volumineuse (nous y reviendrons plus bas), un pré-traitement des données a été effectué.  \n",
+    "Le pré-traitement est le suivant :\n",
+    "- Intégration de l'ensemble des données utiles au sein d'une base de données SQLITE\n",
+    "- Tri des lignes de biologies afin de ne conserver que celles répondant au critères suivants :\n",
+    "  - Date de réalisation >= date de début du passage aux urgences\n",
+    "  - Date de réalisation <= date de fin du passage aux urgences\n",
+    "\n",
+    "*Le script de transformation peut être consulté dans `database_constitution/database_constitution.py`*\n",
     "\n",
-    "from scripts import preprocessing"
+    "Un token de téléchargement des données vous a normallement été mis à disposition."
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "```\n",
+    "    # Commande à executer dans le terminal\n",
+    "    pip install -r requirements.txt\n",
+    "    python download_data.py [TOKEN]\n",
+    "```"
+   ]
+  },
+  {
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+   "source": [
+    "## I.2 Récupération des données au format tabulaire"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "Les données sont extraites depuis la base de données SQLITE de la façon suivante :\n",
+    "  - Récupération et aggrégation des informations suivantes pour chaque consultation aux urgence identifié par un identifiant unique *stay_id* :\n",
+    "    - Date de passage *intime*\n",
+    "    - Genre *gender*\n",
+    "    - Age *age*\n",
+    "    - Température à l'accueil **temperature**\n",
+    "    - Fréquence Cardiaque à l'accueil **heartrate**\n",
+    "    - Fréquence respiratoire à l'accueil **resprate**\n",
+    "    - Saturation en Oxygène à l'accueil **o2sat**\n",
+    "    - Pression artérielle Systolique à l'accueil (**sbp**) et Diastolique (**dbp**)\n",
+    "    - Cotation de douleur à l'accueil **pain**\n",
+    "    - Motif de consultation à l'accueil **chiefcomplaint**\n",
+    "    - Consultation dans les 7 derniers jours **last_7** ou 30 derniers jours **last_30**\n",
+    "    - Antécédents connus au moment de la consultation selon la Classification Internationale des Maladies (CIM) : CIM-9 **icd9** ou CIM10 **icd10**\n",
+    "    - Traitements habituels du patient lors de sa consultation, Generic Sequence Number (GSN) (**gsn**)\n",
+    "  - Récupération des examens prescrits pour chaque consultation aux urgences :\n",
+    "    - Les examens ont été regroupés par paquet correspondant aux techniques de laboratoire et aux organes / aspects fonctionnels explorés sur base de connaissance métier.\n",
+    "    - Il s'agit pour chaque paquet d'examen d'une variables binaire indiquant si l'examen a été prescrit au moins une fois durant le passage aux urgences\n",
+    "    - La prescription est identifié par la présence d'un résultat d'examen dans la table de résultats d'examens biologiques **labevents**\n",
+    "    - Les différentes modalités d'examens sont :\n",
+    "      - Cardiaque (**Cardiaque**)\n",
+    "      - Coagulation (**Coagulation**)\n",
+    "      - Gazométrie (**Gazometrie**)\n",
+    "      - Glycemie Sanguine (**Glycemie_Sanguine**)\n",
+    "      - Hépato-biliaire (**Hepato-Biliaire**)\n",
+    "      - Ionogramme Complet (**IonoC**)\n",
+    "      - Lipase (**Lipase**)\n",
+    "      - Numération de Formule Sanguine (**NFS**)\n",
+    "      - Phospho-Calcique (**Phospho-Calcique**)"
    ]
   },
   {
    "cell_type": "code",
-   "execution_count": 30,
+   "execution_count": 3,
    "metadata": {},
    "outputs": [],
    "source": [
-    "# Loading data from sqlite database\n",
+    "from scripts import preprocessing\n",
     "\n",
     "lab_dictionnary = pd.read_csv(\"./config/lab_items.csv\").set_index(\"item_id\")[\"3\"].to_dict()\n",
     "get_drugs, get_diseases = True, True\n",
@@ -33,9 +289,103 @@
     "    lab_dictionnary=lab_dictionnary,\n",
     ")\n",
     "\n",
+    "# Par conception, last_7 et last_30 doivent valoir 0 lorsque manquant\n",
+    "X[\"last_7\"].fillna(0)\n",
+    "X[\"last_30\"].fillna(0)\n",
+    "\n",
     "assert((X[\"stay_id\"] != y[\"stay_id\"]).sum() == 0) # Sanity check"
    ]
   },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
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+   "source": [
+    "# II. Explorer et visualiser les données"
+   ]
+  },
+  {
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+   "source": [
+    "## II.1. Exploration des features"
+   ]
+  },
+  {
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+   "execution_count": 16,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "# Visualisation de la distribution des NA\n",
+    "# Visualisation de la distribution des features selon les labels\n",
+    "# Visualisation des corrélations\n",
+    "# Visualisation du texte\n",
+    "# Analyser des ATCD\n",
+    "# Analyse des traitements"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "## II. 2. Exploration des labels"
+   ]
+  },
+  {
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+   "execution_count": 14,
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+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "# Visualisation de la fréquence des labels"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
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+   "source": [
+    "# III. Sélection des variables d'intérêt"
+   ]
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+   "execution_count": 9,
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+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "# Définir la stratégie de sélection des features (voir sklearn)\n",
+    "# L'appliquer et sortir un dataset pertinent"
+   ]
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+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "# IV. Définition et entrainement un algorithme d'apprentissage statistique"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "code",
+   "execution_count": 15,
+   "metadata": {},
+   "outputs": [],
+   "source": [
+    "# Prévoir la pipeline de traitement\n",
+    "# Algorithmes à produire :\n",
+    "# Tree classifier simple : argument, explicabilité\n",
+    "# MLP\n",
+    "# Ajouter les traitements et voir\n",
+    "# Ajouter les ATCD et voir\n",
+    "# Ajouter le texte et voir"
+   ]
+  },
+  {
+   "cell_type": "markdown",
+   "metadata": {},
+   "source": [
+    "# OLD - History"
+   ]
+  },
   {
    "cell_type": "code",
    "execution_count": 5,
@@ -1942,7 +2292,7 @@
    "name": "python",
    "nbconvert_exporter": "python",
    "pygments_lexer": "ipython3",
-   "version": "3.9.9"
+   "version": "3.9.7"
   },
   "orig_nbformat": 4
  },

+ 0 - 738
config/itemid.csv

@@ -1,738 +0,0 @@
-item_id,label,fluid,0
-51221,Hematocrit,Blood,208581
-51301,White Blood Cells,Blood,208480
-51006,Urea Nitrogen,Blood,208453
-51222,Hemoglobin,Blood,208411
-51249,MCHC,Blood,208409
-51248,MCH,Blood,208409
-51250,MCV,Blood,208409
-51279,Red Blood Cells,Blood,208409
-51277,RDW,Blood,208409
-51265,Platelet Count,Blood,208401
-50912,Creatinine,Blood,207989
-50983,Sodium,Blood,201826
-50902,Chloride,Blood,201818
-50971,Potassium,Blood,201789
-50882,Bicarbonate,Blood,201761
-50931,Glucose,Blood,201605
-50868,Anion Gap,Blood,201523
-51254,Monocytes,Blood,201247
-51256,Neutrophils,Blood,201247
-51244,Lymphocytes,Blood,201247
-51200,Eosinophils,Blood,201247
-51146,Basophils,Blood,201247
-50920,Estimated GFR (MDRD equation),Blood,185745
-51487,Nitrite,Urine,122408
-51464,Bilirubin,Urine,122408
-51492,Protein,Urine,122408
-51466,Blood,Urine,122408
-51486,Leukocytes,Urine,122408
-51491,pH,Urine,122408
-51478,Glucose,Urine,122408
-51498,Specific Gravity,Urine,122408
-51484,Ketone,Urine,122408
-51514,Urobilinogen,Urine,122408
-51506,Urine Appearance,Urine,122408
-50933,Green Top Hold (plasma),Blood,116812
-52172,RDW-SD,Blood,116593
-51237,INR(PT),Blood,113583
-51274,PT,Blood,113583
-52073,Absolute Eosinophil Count,Blood,113076
-52069,Absolute Basophil Count,Blood,113076
-52074,Absolute Monocyte Count,Blood,113076
-51133,Absolute Lymphocyte Count,Blood,113076
-52075,Absolute Neutrophil Count,Blood,113076
-51275,PTT,Blood,112822
-51087,Length of Urine Collection,Urine,112138
-52135,Immature Granulocytes,Blood,104481
-50955,Light Green Top Hold,Blood,103138
-50887,Blue Top Hold,Blood,101528
-50813,Lactate,Blood,96332
-51678,L,Blood,91548
-50934,H,Blood,91547
-50947,I,Blood,91547
-51516,WBC,Urine,91159
-51519,Yeast,Urine,91159
-51463,Bacteria,Urine,91159
-51476,Epithelial Cells,Urine,91158
-51493,RBC,Urine,91158
-50885,"Bilirubin, Total",Blood,85921
-50878,Asparate Aminotransferase (AST),Blood,85780
-50861,Alanine Aminotransferase (ALT),Blood,85732
-50863,Alkaline Phosphatase,Blood,85509
-50862,Albumin,Blood,80302
-50960,Magnesium,Blood,73255
-50893,"Calcium, Total",Blood,72831
-50970,Phosphate,Blood,72039
-51512,Urine Mucous,Urine,69165
-51103,Uhold,Urine,68430
-51003,Troponin T,Blood,67902
-50956,Lipase,Blood,63744
-50856,Acetaminophen,Blood,44318
-50981,Salicylate,Blood,44028
-50999,Tricyclic Antidepressant Screen,Blood,43770
-50922,Ethanol,Blood,42422
-51107,"Urine tube, held",Urine,36675
-50880,Benzodiazepine Screen,Blood,33553
-50879,Barbiturate Screen,Blood,33541
-52033,Specimen Type,Blood,32695
-51079,"Cocaine, Urine",Urine,30465
-51071,"Amphetamine Screen, Urine",Urine,30440
-51075,"Benzodiazepine Screen, Urine",Urine,30437
-51092,"Opiate Screen, Urine",Urine,30429
-51074,"Barbiturate Screen, Urine",Urine,30429
-51090,"Methadone, Urine",Urine,30421
-50822,"Potassium, Whole Blood",Blood,29296
-51482,Hyaline Casts,Urine,26268
-51085,"HCG, Urine, Qualitative",Urine,23620
-50963,NTproBNP,Blood,23114
-50820,pH,Blood,21455
-50804,Calculated Total CO2,Blood,20197
-50802,Base Excess,Blood,20193
-50818,pCO2,Blood,20185
-50821,pO2,Blood,20183
-50910,Creatine Kinase (CK),Blood,19894
-51734,STX3,Blood,19891
-51732,STX1,Blood,19764
-51737,STX6,Blood,19690
-51266,Platelet Smear,Blood,19527
-51733,STX2,Blood,19298
-51989,Oxycodone,Urine,18049
-50911,"Creatine Kinase, MB Isoenzyme",Blood,17422
-51267,Poikilocytosis,Blood,17306
-51137,Anisocytosis,Blood,17240
-51246,Macrocytes,Blood,16971
-51268,Polychromasia,Blood,16897
-51233,Hypochromia,Blood,16872
-51252,Microcytes,Blood,16856
-52007,UTX4,Urine,14926
-52008,UTX5,Urine,14920
-52004,UTX1,Urine,14915
-52010,UTX7,Urine,14914
-52005,UTX2,Urine,14912
-52006,UTX3,Urine,14728
-51144,Bands,Blood,14714
-52009,UTX6,Urine,14217
-51251,Metamyelocytes,Blood,14173
-51255,Myelocytes,Blood,14054
-51143,Atypical Lymphocytes,Blood,14025
-50809,Glucose,Blood,13151
-50824,"Sodium, Whole Blood",Blood,12823
-50979,Red Top Hold,Blood,12301
-50806,"Chloride, Whole Blood",Blood,11678
-50817,Oxygen Saturation,Blood,11606
-50919,EDTA Hold,Blood,11453
-51501,Transitional Epithelial Cells,Urine,11170
-50993,Thyroid Stimulating Hormone,Blood,10497
-50954,Lactate Dehydrogenase (LD),Blood,10289
-51736,STX5,Blood,9436
-51735,STX4,Blood,9433
-50803,"Calculated Bicarbonate, Whole Blood",Blood,8797
-50889,C-Reactive Protein,Blood,8424
-51873,Influenza B by PCR,Other Body Fluid,7943
-51865,Influenza A by PCR,Other Body Fluid,7943
-51260,Ovalocytes,Blood,7294
-51462,Amorphous Crystals,Urine,6740
-51257,Nucleated Red Cells,Blood,6626
-51214,"Fibrinogen, Functional",Blood,6557
-50810,"Hematocrit, Calculated",Blood,6529
-50811,Hemoglobin,Blood,6529
-50915,D-Dimer,Blood,6434
-50812,Intubated,Blood,6126
-51100,"Sodium, Urine",Urine,5202
-51082,"Creatinine, Urine",Urine,5185
-51296,Teardrop Cells,Blood,4535
-50883,"Bilirubin, Direct",Blood,4462
-51508,Urine Color,Urine,4431
-50884,"Bilirubin, Indirect",Blood,4164
-51518,WBC Clumps,Urine,4113
-51093,"Osmolality, Urine",Urine,4034
-50924,Ferritin,Blood,4010
-50808,Free Calcium,Blood,3977
-50952,Iron,Blood,3940
-50998,Transferrin,Blood,3814
-50953,"Iron Binding Capacity, Total",Blood,3811
-50852,% Hemoglobin A1c,Blood,3747
-51613,eAG,Blood,3741
-50946,Human Chorionic Gonadotropin,Blood,3520
-51097,"Potassium, Urine",Urine,3489
-51078,"Chloride, Urine",Urine,3410
-51010,Vitamin B12,Blood,3220
-50964,"Osmolality, Measured",Blood,3220
-50935,Haptoglobin,Blood,3188
-52111,Echinocytes,Blood,2902
-51000,Triglycerides,Blood,2837
-51104,"Urea Nitrogen, Urine",Urine,2786
-51752,Voided Specimen,Blood,2572
-51283,"Reticulocyte Count, Automated",Blood,2508
-50805,Carboxyhemoglobin,Blood,2500
-51287,Schistocytes,Blood,2410
-51479,Granular Casts,Urine,2380
-50814,Methemoglobin,Blood,2343
-50816,Oxygen,Blood,2197
-52024,"Creatinine, Whole Blood",Blood,2115
-52026,Estimated GFR (MDRD equation),Blood,2106
-50907,"Cholesterol, Total",Blood,2105
-50908,CK-MB Index,Blood,2096
-50904,"Cholesterol, HDL",Blood,2078
-50903,Cholesterol Ratio (Total/HDL),Blood,2063
-50825,Temperature,Blood,2037
-51294,Target Cells,Blood,2012
-50905,"Cholesterol, LDL, Calculated",Blood,1969
-51007,Uric Acid,Blood,1929
-50819,PEEP,Blood,1890
-50826,Tidal Volume,Blood,1852
-51282,"Reticulocyte Count, Absolute",Blood,1824
-50943,Hepatitis C Virus Antibody,Blood,1777
-50940,Hepatitis B Surface Antibody,Blood,1772
-50827,Ventilation Rate,Blood,1759
-51116,Lymphocytes,Ascites,1735
-51125,Polys,Ascites,1735
-51120,Monocytes,Ascites,1735
-52065,"Total Nucleated Cells, Ascites",Ascites,1735
-51706,Problem Specimen,Blood,1734
-50941,Hepatitis B Surface Antigen,Blood,1725
-51127,"RBC, Ascites",Ascites,1715
-51288,Sedimentation Rate,Blood,1660
-51469,Calcium Oxalate Crystals,Urine,1586
-52286,"Total Nucleated Cells, CSF",Cerebrospinal Fluid,1545
-52264,Lymphs,Cerebrospinal Fluid,1545
-52272,Monocytes,Cerebrospinal Fluid,1545
-52281,Polys,Cerebrospinal Fluid,1545
-52285,"RBC, CSF",Cerebrospinal Fluid,1542
-50849,"Total Protein, Ascites",Ascites,1538
-51802,"Total Protein, CSF",Cerebrospinal Fluid,1533
-51790,"Glucose, CSF",Cerebrospinal Fluid,1531
-50925,Folate,Blood,1529
-50942,Hepatitis B Virus Core Antibody,Blood,1511
-51117,Macrophage,Ascites,1505
-50842,"Glucose, Ascites",Ascites,1451
-52023,Assist/Control,Blood,1389
-52171,RBC Morphology,Blood,1351
-51118,Mesothelial Cell,Ascites,1314
-51008,Valproic Acid,Blood,1281
-50823,Required O2,Blood,1271
-50801,Alveolar-arterial Gradient,Blood,1270
-51134,Acanthocytes,Blood,1198
-51102,"Total Protein, Urine",Urine,1145
-50957,Lithium,Blood,1115
-51658,HPE2,Blood,1094
-51657,HPE1,Blood,1089
-50867,Amylase,Blood,1064
-51659,HPE3,Blood,1011
-51663,HPE7,Blood,1007
-51197,Elliptocytes,Blood,1006
-51196,D-Dimer,Blood,1004
-51099,Protein/Creatinine Ratio,Urine,1001
-50986,tacroFK,Blood,976
-50917,Digoxin,Blood,964
-50995,"Thyroxine (T4), Free",Blood,950
-52036,Voided Specimen,Blood,892
-50976,"Protein, Total",Blood,850
-51497,Renal Epithelial Cells,Urine,809
-50994,Thyroxine (T4),Blood,782
-51219,H/O Smear,Blood,770
-50828,Ventilator,Blood,770
-51259,Other Cells,Blood,678
-50967,Phenytoin,Blood,672
-51145,Basophilic Stippling,Blood,636
-50930,Globulin,Blood,630
-50937,Hepatitis A Virus Antibody,Blood,629
-50873,Anti-Nuclear Antibody,Blood,624
-51382,Polys,Joint Fluid,615
-51375,Lymphocytes,Joint Fluid,615
-51379,Monocytes,Joint Fluid,615
-52312,"Total Nucleated Cells, Joint",Joint Fluid,614
-51373,"Joint Crystals, Number",Joint Fluid,610
-51292,Spherocytes,Blood,579
-52014,Voided Specimen,Urine,545
-51147,Bite Cells,Blood,543
-51383,"RBC, Joint Fluid",Joint Fluid,525
-50938,Hepatitis A Virus IgM Antibody,Blood,516
-51148,Blasts,Blood,515
-50950,Immunoglobulin G,Blood,503
-50949,Immunoglobulin A,Blood,501
-50944,HIV Antibody,Blood,492
-50866,Ammonia,Blood,473
-50909,Cortisol,Blood,464
-51150,Blood Parasite Smear,Blood,444
-51216,Fragmented Cells,Blood,429
-50927,Gamma Glutamyltransferase,Blood,412
-51001,Triiodothyronine (T3),Blood,410
-51123,Other,Ascites,400
-50951,Immunoglobulin M,Blood,399
-51660,HPE4,Blood,391
-50975,Protein Electrophoresis,Blood,386
-50853,25-OH Vitamin D,Blood,386
-51564,ARCH-1,Blood,372
-51269,Promyelocytes,Blood,370
-50835,"Albumin, Ascites",Ascites,343
-50900,Carcinoembyronic Antigen (CEA),Blood,340
-51176,"CD3 Cells, Percent",Blood,321
-51194,"CD8 Cells, Percent",Blood,319
-51180,"CD4 Cells, Percent",Blood,319
-51095,"Phosphate, Urine",Urine,309
-51284,"Reticulocyte Count, Manual",Blood,305
-50815,O2 Flow,Blood,304
-51662,HPE6,Blood,298
-51077,"Calcium, Urine",Urine,295
-51245,"Lymphocytes, Percent",Blood,289
-51300,WBC Count,Blood,289
-51132,Absolute CD8 Count,Blood,289
-52769,Absolute Lymphocyte Count,Blood,289
-51130,Absolute CD3 Count,Blood,289
-51131,Absolute CD4 Count,Blood,289
-51181,CD4/CD8 Ratio,Blood,289
-51236,Inpatient Hematology/Oncology Smear,Blood,287
-50906,"Cholesterol, LDL, Measured",Blood,283
-51098,"Prot. Electrophoresis, Urine",Urine,277
-51262,Pencil Cells,Blood,263
-51503,Triple Phosphate Crystals,Urine,259
-52266,Macrophage,Cerebrospinal Fluid,256
-50939,"Hepatitis B Core Antibody, IgM",Blood,254
-50876,Anti-Smooth Muscle Antibody,Blood,253
-51114,Eosinophils,Ascites,251
-50899,Carbamazepine,Blood,251
-51231,Howell-Jolly Bodies,Blood,250
-51474,Eosinophils,Urine,240
-51455,Polys,Pleural,237
-51446,Lymphocytes,Pleural,237
-52391,"Total Nucleated Cells, Pleural",Pleural,237
-51450,Monos,Pleural,237
-50891,C4,Blood,234
-51376,Macrophage,Joint Fluid,233
-51505,Uric Acid Crystals,Urine,232
-50965,Parathyroid Hormone,Blood,230
-51054,"Lactate Dehydrogenase, Pleural",Pleural,229
-51059,"Total Protein, Pleural",Pleural,225
-50871,Anti-Mitochondrial Antibody,Blood,223
-51471,Cellular Cast,Urine,223
-51076,"Bicarbonate, Urine",Urine,219
-51261,Pappenheimer Bodies,Blood,218
-51053,"Glucose, Pleural",Pleural,216
-50892,CA-125,Blood,214
-50857,Acetone,Blood,214
-50890,C3,Blood,213
-51457,"RBC, Pleural",Pleural,210
-51070,"Albumin/Creatinine, Urine",Urine,204
-51069,"Albumin, Urine",Urine,204
-50843,"Lactate Dehydrogenase, Ascites",Ascites,199
-51598,Cytomegalovirus Viral Load,Blood,198
-50864,Alpha-Fetoprotein,Blood,195
-52195,Voided Specimen,Blood,190
-51263,Plasma Cells,Blood,185
-51009,Vancomycin,Blood,184
-51879,Neisseria gonorrhoeae,Other Body Fluid,178
-51846,Chlamydia trachomatis,Other Body Fluid,178
-51903,PAN1,Other Body Fluid,178
-51447,Macrophages,Pleural,171
-51513,Urine Specimen Type,Urine,170
-50874,"Anti-Nuclear Antibody, Titer",Blood,165
-50980,Rheumatoid Factor,Blood,164
-51088,"Magnesium, Urine",Urine,163
-51046,"Albumin, Pleural",Pleural,162
-51972,Chlamydia trachomatis,Urine,159
-51986,Neisseria gonorrhoeae,Urine,159
-52018,PAN1,Urine,158
-50973,Prolactin,Blood,153
-52419,Voided Specimen,Urine,153
-50966,Phenobarbital,Blood,152
-50996,"Tissue Transglutaminase Ab, IgA",Blood,152
-51051,"Cholesterol, Pleural",Pleural,150
-51374,"Joint Crystals, Shape",Joint Fluid,148
-51372,"Joint Crystals, Location",Joint Fluid,148
-51370,"Joint Crystals, Birefringence",Joint Fluid,148
-51688,Lyme C6 Ab,Blood,143
-51689,Lyme G and M Value,Blood,142
-52256,Eosinophils,Cerebrospinal Fluid,141
-50974,Prostate Specific Antigen,Blood,140
-50948,Immunofixation,Blood,140
-51567,Beta Hydroxybutyrate,Blood,135
-50831,pH,Other Body Fluid,134
-50872,Anti-Neutrophil Cytoplasmic Antibody,Blood,133
-51105,"Uric Acid, Urine",Urine,133
-51933,C. diff PCR,Stool,133
-52020,UTX10,Urine,132
-51980,Fentanyl,Urine,132
-51651,Hepatitis C Viral Load,Blood,131
-51198,Envelope Cells,Blood,130
-51291,Sickle Cells,Blood,129
-51086,"Immunofixation, Urine",Urine,119
-51664,HPE8,Blood,115
-51956,CDT027,Stool,113
-51661,HPE5,Blood,113
-50836,"Amylase, Ascites",Ascites,112
-51448,Mesothelial Cells,Pleural,107
-51748,Treponema pallidum (Syphilis) Ab,Blood,106
-51945,Norovirus Genogroup I,Stool,105
-51517,WBC Casts,Urine,105
-51946,Norovirus Genogroup II,Stool,105
-52278,Other,Cerebrospinal Fluid,105
-51427,Lymphocytes,Other Body Fluid,102
-51436,Polys,Other Body Fluid,102
-51431,Monos,Other Body Fluid,102
-52369,"Total Nucleated Cells, Other",Other Body Fluid,100
-51369,"Hematocrit, Joint Fluid",Joint Fluid,97
-51749,Treponema pallidum (syphilis) value,Blood,97
-51234,Immunophenotyping,Blood,96
-50918,Double Stranded DNA,Blood,94
-50838,"Bilirubin, Total, Ascites",Ascites,94
-51124,Plasma,Ascites,83
-51444,Eosinophils,Pleural,82
-50841,"Creatinine, Ascites",Ascites,81
-50914,Cyclosporin,Blood,80
-52123,"G6PD, Qualitative",Blood,79
-51438,"RBC, Other Fluid",Other Body Fluid,79
-51625,Free Kappa,Blood,79
-51453,Other,Pleural,79
-51338,Immunophenotyping,Bone Marrow,78
-51047,"Amylase, Pleural",Pleural,78
-51627,Free Lambda,Blood,78
-51626,Free Kappa/Free Lambda Ratio,Blood,78
-51368,Eosinophils,Joint Fluid,73
-52221,Atypical Lymphocytes,Cerebrospinal Fluid,70
-51089,Marijuana,Urine,69
-50881,Beta-2 Microglobulin,Blood,68
-51488,Non-squamous Epithelial Cells,Urine,67
-51428,Macrophage,Other Body Fluid,67
-51052,"Creatinine, Pleural",Pleural,67
-51232,Hypersegmented Neutrophils,Blood,64
-51615,Epstein-Barr Virus EBNA IgG Ab,Blood,59
-51614,Epstein-Barr Virus  EBNA IgG Ab,Blood,59
-51616,Epstein-Barr Virus IgG Ab Value,Blood,59
-51617,Epstein-Barr Virus IgM Ab Value,Blood,59
-51618,Epstein-Barr Virus Interpretation,Blood,59
-51619,Epstein-Barr Virus VCA IgG Ab,Blood,59
-51620,Epstein-Barr Virus VCA IgM Ab,Blood,59
-51586,CMV IgG Ab,Blood,58
-51587,CMV IgG Ab Value,Blood,58
-51921,"proBNP, Pleural",Pleural,57
-51621,Ethylene Glycol,Blood,57
-51243,Lupus Anticoagulant,Blood,57
-51839,Anat Path Hold,Other Body Fluid,54
-51206,Factor VIII,Blood,54
-51590,CMV Interpretation,Blood,54
-51588,CMV IgM Ab,Blood,54
-51110,Atypical Lymphocytes,Ascites,54
-52223,Bands,Cerebrospinal Fluid,53
-51510,"Urine Crystals, Other",Urine,50
-51654,HIV 1 Viral Load,Blood,48
-52425,XUCU,Urine,48
-51276,Quantitative G6PD,Blood,47
-50978,Rapamycin,Blood,47
-51060,"Triglycerides, Pleural",Pleural,45
-51419,Eosinophils,Other Body Fluid,44
-51056,"Miscellaneous, Pleural",Pleural,44
-51111,Bands,Ascites,43
-51043,"Total Protein, Body Fluid",Other Body Fluid,43
-51034,"Glucose, Body Fluid",Other Body Fluid,42
-51648,Hepatitis B Viral Load,Blood,42
-50932,Gray Top Hold (plasma),Blood,41
-51091,"Myoglobin, Urine",Urine,41
-51507,"Urine Casts, Other",Urine,41
-51489,NonSquamous Epithelial Cell,Urine,40
-51445,"Hematocrit, Pleural",Pleural,40
-51515,Waxy Casts,Urine,40
-51795,"Lactate Dehydrogenase, CSF",Cerebrospinal Fluid,39
-51242,LUC,Blood,39
-51035,"LD, Body Fluid",Other Body Fluid,39
-51112,Basophils,Ascites,39
-50992,Thyroid Peroxidase Antibodies,Blood,39
-51722,RFXLDLM,Blood,38
-51025,"Albumin, Body Fluid",Other Body Fluid,37
-51247,MacroOvalocytes,Blood,37
-52012,UTX9,Urine,34
-50895,Calculated TBG,Blood,34
-52225,Basophils,Cerebrospinal Fluid,34
-51218,Granulocyte Count,Blood,33
-51366,Bands,Joint Fluid,33
-51152,CD10,Blood,32
-51271,"Protein C, Functional",Blood,32
-51164,CD19,Blood,32
-51239,Lambda,Blood,32
-51238,Kappa,Blood,32
-51429,Mesothelial cells,Other Body Fluid,32
-51184,CD5,Blood,32
-51229,"Heparin, LMW",Blood,32
-51230,HLA-DR,Blood,32
-51005,Uptake Ratio,Blood,31
-51192,CD7,Blood,31
-51168,CD20,Blood,31
-51167,CD2,Blood,31
-52427,UCU2,Urine,30
-51183,CD45,Blood,30
-51904,PAN2,Other Body Fluid,30
-51899,Trichomonas vaginalis,Other Body Fluid,30
-50926,Follicle Stimulating Hormone,Blood,29
-51026,"Amylase, Body Fluid",Other Body Fluid,29
-51273,"Protein S, Functional",Blood,29
-51224,Hemoglobin C,Blood,28
-50958,Luteinizing Hormone,Blood,28
-51226,Hemogloblin A,Blood,28
-51227,Hemogloblin S,Blood,28
-50896,Calculated Thyroxine (T4) Index,Blood,28
-51762,EE1,Blood,27
-51122,Nucleated RBC,Ascites,27
-51381,Other,Joint Fluid,27
-51768,EE6,Blood,27
-51934,C Diff Toxin Antigen Assay,Stool,26
-51154,CD117,Blood,26
-51158,CD14,Blood,26
-51178,CD34,Blood,26
-51156,CD13,Blood,26
-51217,Glyco A,Blood,25
-51772,PAN3,Blood,25
-51155,CD11c,Blood,25
-51652,High-Sensitivity CRP,Blood,25
-51225,Hemoglobin F,Blood,25
-50877,Anti-Thyroglobulin Antibodies,Blood,25
-51182,CD41,Blood,25
-51159,CD15,Blood,25
-51193,CD71,Blood,25
-51763,EE2,Blood,25
-51188,CD56,Blood,24
-51191,CD64,Blood,24
-51467,Broad Casts,Urine,24
-51177,CD33,Blood,24
-51223,Hemoglobin A2,Blood,24
-51434,Other Cell,Other Body Fluid,22
-51115,"Hematocrit, Ascites",Ascites,22
-51108,Urine Volume,Urine,22
-51422,"Hematocrit, Other Fluid",Other Body Fluid,22
-51297,Thrombin,Blood,22
-51140,Antithrombin,Blood,21
-51212,Fetal Hemoglobin,Blood,21
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-51424,Immunophenotyping,Other Body Fluid,20
-51377,Mesothelial Cells,Joint Fluid,20
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